Le port de Manaus ancre le commerce fluvial depuis 1902, lorsque les barons du caoutchouc expédiaient le latex en aval sur des bateaux à vapeur en bois qui mettaient onze jours pour atteindre Belém. Aujourd'hui, le même terminal lance des navires d'expédition dans le plus grand bassin versant du monde — un bassin de 6,4 millions de kilomètres carrés contenant un cinquième de l'eau douce de la Terre. Le Rio Negro et le pâle Solimões convergent quinze kilomètres en aval, leurs eaux chimiquement distinctes coulant côte à côte sur six kilomètres sans se mélanger, une frontière hydrologique connue sous le nom de Rencontre des Eaux. Une croisière sur l'Amazone au départ de Manaus sillonne des affluents inaccessibles par la route, passant devant des villages de pêcheurs sur pilotis, des forêts d'igapó submergées et des lacs en fer à cheval où les nénuphars Victoria amazonica atteignent deux mètres. Les départs s'alignent sur la crue annuelle du fleuve : la montée des eaux de décembre à mai inonde le sol de la forêt jusqu'à douze mètres de profondeur, créant des canaux navigables à travers la canopée ; le retrait des eaux de juin à novembre expose des bancs de sable et concentre la faune dans des lagunes permanentes. La saison sèche révèle des dauphins roses, des paresseux à trois doigts et des caïmans noirs le long des rives exposées. La plupart des croisières sur l'Amazone au départ de Manaus utilisent des navires allant des bateaux à moteur de douze passagers aux navires d'expédition de quarante couchettes équipés de guides naturalistes et d'embarcations pour l'exploration des affluents. Les itinéraires incluent l'observation nocturne des caïmans, la pêche au piranha à la ligne et des promenades sur des passerelles surélevées dans l'archipel d'Anavilhanas, un labyrinthe fluvial de quatre cents îles boisées. Les voyages prolongés atteignent le parc national de Jaú, une réserve de 2,3 millions d'hectares où les aigles harpie nichent dans les fromagers et où les traces de jaguar marquent les salines.